Peter van Aken studeerde geneeskunde in Leiden. Hij werd van 1976–1982 opgeleid tot algemeen chirurg in het Hippolytus Ziekenhuis in Delft (nu Reinier de Graaff) en bekwaamde zich verder in de vaatchirurgie in het WG en later AMC in Amsterdam. Hij promoveerde in 1982 in Leiden met het proefschrift ‘Experimental Arterial Thrombosis’.

Sinds 1983 is hij werkzaam als algemeen chirurg en vaatchirurg in het Amstelland Ziekenhuis in Amstelveen en is in november 2009 teruggetreden als hoofd van de afdeling Chirurgie. Daarnaast is hij vanaf 2006 werkzaam als veneus chirurg op de flebologische afdeling van Medisch Centrum Jan van Goyen en per november 2010 verbonden aan het flebologische centrum van de Dermicis kliniek in Haarlem en Alkmaar. Hij bedrijft in beide klinieken de minimaal invasieve endoveneuze behandeling van spataderen (VNUS Closure Fast) in nauwe samenwerking met de flebologen.

Peter van Aken is Lid van de Nederlandse Vereniging van Heelkunde, de Nederlandse Vereniging van Vaatchirurgie, de Vereniging voor Vasculaire Geneeskunde en de European Society of Vascular Surgery.