Arne van Eeden studeerde geneeskunde aan de Universiteit van Amsterdam en deed onderzoek naar maagzuurgerelateerde aandoeningen, maagzweren en motoriekstoornissen van maag en darmen aan de McMaster Universiteit van Hamilton in Canada en het Academisch Centrum in Amsterdam. Hij volgde zijn opleidingen tot internist en infectioloog in het Zeeweg Ziekenhuis in IJmuiden, het Onze Lieve Vrouwe Gasthuis en het Academisch Medisch Centrum in Amsterdam. Vanaf 1992 is Arne van Eeden actief betrokken bij de behandeling en begeleiding van HIV- en AIDS-patiënten.

In 1997 trad Arne van Eeden toe tot de maatschap interne geneeskunde van het Medisch Centrum Jan van Goyen. Onder zijn leiding is het Medisch Centrum Jan van Goyen uitgegroeid tot een groot en erkend HIV- en AIDS-behandelcentrum als onderdeel van het behandelcentrum in het OLVG.

Naast zijn werkzaamheden als internist/infectioloog is Arne van Eeden actief als onderzoeker bij een scala aan nationale en internationale wetenschappelijke onderzoeken die zich richten op de behandeling van HIV, AIDS en hepatitis en op de bijwerkingen die zich daarbij voordoen. Arne van Eeden is actief betrokken bij het management van Medisch Centrum Jan van Goyen en is voorzitter van de werkgroep Kwaliteit en Beleid in het centrum. Hij is lid van de Nederlandse Internisten Vereniging en de Nederlandse Vereniging van Aids Behandelaren.

Arne heeft zijn eigen blog.